특정 폴더 내에 있는 프리팹을 로드

Resources.Load() 를 쓰시면 됩니다. 
using UnityEngine; 
using System.Collections; 

public class example : MonoBehaviour { 
    void Start() { 
        GameObject instance = Instantiate(Resources.Load("enemy")); 
    } 
} 

주의할 점은 파일이 Resources 하위에 있어야 합니다. 

http://www.devkorea.co.kr/bbs/board.php?bo_table=m03_qna&wr_id=26416

http://docs.unity3d.com/ScriptReference/Resources.Load.html